El programa de Maestría en Ciencia y Tecnología de Alimentos de la Universidad de Querétaro inició operaciones en 1975 siendo el primer programa de posgrado en alimentos en el país que se ofertó fuera de la Cd de México. En 1989-1990 se integran diferentes centros de investigación de diferentes instituciones ubicadas en la zona central del país, (CINVESTAV Irapuato, Universidad Autónoma de San Luís Potosí, Tecnológico de Celaya, Universidad de Guanajuato, Tecnológico de Jiquilpan MIch.) y se conforma el Programa Regional de Posgrado en Alimentos (PROPAC) con sede en la Facultad de Química de la Universidad Autónoma de Querétaro; en1992 se confirma dentro del Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) y en el 2015 se reestructura y se reconoce como un programa de Competencia Internacional, que permite el ingreso de estudiantes de otros países, facilita las colaboraciones con grupos de investigación con instituciones homólogas, la movilidad de estudiantes que enriquece sus trabajos de investigación, impulsa las codirecciones, la publicación de artículos y libros, la presentación de las investigaciones en foros nacionales e internacionales y la formulación de proyectos de investigación conjuntos.

A la fecha, el programa está integrado dentro del Departamento de Investigación y Posgrado en Alimentos de la Facultad de Química donde se realiza la investigación y formación de los futuros Maestros en Ciencia y Tecnología de Alimentos en catorce laboratorios de investigación y servicios, tres laboratorios de uso común y cinco unidades de plantas piloto de alimentos (frutas y hortalizas, lácteos, fermentaciones, productos cárnicos y cereales). Esta infraestructura es utilizada para atender las necesidades de investigación y servicios en alimentos en la zona Centro de México.