En base a la formación que se obtiene al finalizar el programa de Maestría en Ciencia y Tecnología de Alimentos, los egresados de este posgrado tienen la posibilidad de ejercer su profesión en los siguientes ámbitos:

• Industria, en donde puede desempeñarse para llevar los procesos de producción, desarrollar procedimientos innovadores y mejora de productos y procesos, llevar a cabo, innovar y mejorar los procesos de control de calidad (análisis calificados de alimentos como microbiológicos, fisicoquímicos, bioquímicos, funcionales y nutrimentales).
• Docencia, impartiendo clases a nivel de licenciatura, especialidades o maestría.
• Sector público, como participante activo en instituciones gubernamentales encargadas del desarrollo de proyectos productivos; oficinas encargadas de la regulación alimentaria, la promoción de exportaciones, asesoría técnica y en programas de capacitación de empresas.
• Los egresados de este programa pueden optar para integrarse a un programa de Doctorado en cualquiera de las disciplinas que conforman la Ciencia de los Alimentos, tanto en la Universidad Autónoma de Querétaro como en otras instituciones nacionales o internacionales