En base a la formación que se obtiene al finalizar el programa de Maestría en Ciencia y Tecnología de Alimentos, los egresados de este posgrado tienen la posibilidad de ejercer su profesión en los siguientes ámbitos:

• Industria, en donde puede desempeñarse como empleado llevando a cabo la innovación y mejora de productos y procesos, el control de calidad (analistas calificados de alimentos en áreas como la microbiología, fisicoquímica, biotecnología, nutracéuticos, propiedades nutrimentales). O bien en un momento dado establecer su propia empresa.
• Docencia, impartiendo clases a nivel de licenciatura, especialidades o maestría.
• Sector público, laborando en instituciones gubernamentales participando en la regulación, en la generación de programas o bien en la capacitación.
• Doctorado, algunos de los egresados de la Maestría en Ciencia y Tecnología de Alimentos continúan con sus estudios de doctorado.