La EBC a través de los profesores que conforman el núcleo básico del programa mantiene diversos vínculos de colaboración para la realización de proyectos con instituciones y centros de ciencias médicas. Estas vinculaciones permiten la adquisición de conocimiento y la formación de recursos humanos.

Listado de Instituciones:

• Confederación Nacional de Química Clínica (CONAQUIC)
• Colegio de Químicos Clínicos del Estado de Querétaro A.C.
• Secretaria de Salud del Estado de Querétaro (SESEQ)
• Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS)
• Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE)
• Instituto de Neurobiología de la UNAM
• Instituto Nacional de Nutrición y Ciencias Médicas Salvador Zubirán (INNCMSZ)
• Centro Médico Siglo XXI
• Asesores Especializados en Laboratorio