En la Universidad Autónoma de Querétaro, la licenciatura de Químico Farmacéutico Biólogo (QFB) data del año 1952. Después de 60 años de formar QFBs, se hace necesario que nuestra Alma Mater responda a las propuestas nacionales, referentes al derecho fundamental de lograr que los estudiantes cuenten con un aprendizaje relevante para la vida, que le sea útil para desenvolverse en la sociedad actual. También se requiere una respuesta a las demandas estatales, tanto en el sector farmacéutico como en el de la salud y esencialmente atender los intereses de los jóvenes, que en los últimos años han mostrado una tendencia a incursionar en el ámbito de la investigación en el área de las Ciencias Químico Biológicas, a fin de generar y aplicar nuevos conocimientos y ser competitivos a nivel nacional e internacional.

La Maestría en Ciencias Químico Biológicas fue aprobada por el Consejo Universitario de la UAQ en el año de 2012, ese mismo año inició sus actividades y fue reconocida en el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad con orientación a la investigación. El plan curricular de ingreso anual se ha centrado en tres ejes; El disciplinar con 5 asignaturas, 3 tópicos selectos, metodología de la investigación y bioestadística, el metodológico con 3 seminarios y 3 trabajos de investigación y, el complementario con 2, la redacción de artículos científicos y una materia optativa.

La reestructuración del plan de estudios en el 2015 consideró la pertinencia del programa, así como el análisis emanado del seguimiento de las 2 primeras generaciones de egresados y las reflexiones de quienes participan en el programa con la idea de lograr el aseguramiento de la calidad del posgrado. El programa nuevamente fue actualizado en el año 2018 con la adecuación en términos para acreditación de la lengua extranjera, que es requisito para el ingreso y el egreso de los alumnos, así como la modificación en directorio de autoridades.

Desde sus inicios en 2012 y hasta mediados del año de 2020, se han graduado 44 alumnos.