Taller de Bioinformática “Ensembl browser”
Imparte: Dra. Louisse Paola Mirabueno
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) Cambridge
8 de Noviembre, de 9:30 am - 5:30 pm
Sede: Salón de eventos. Hotel Fiesta Inn (Ver mapa)
Para los interesados en asistir, favor de llenar la hora de pre-registro en la siguiente liga:
https://forms.gle/PL7q7bd19K6owGjv6
Responder la siguiente encuesta antes de asistir al taller:
https://forms.gle/iSLZoWJ6C1QgeZp97
Costo:
Estudiantes $500: https://comunidad.uaq.mx:8011/InscripcionGeneral/Inscripcon.jsp?cc=75412
Publico general $1,000: https://comunidad.uaq.mx:8011/InscripcionGeneral/Inscripcon.jsp?cc=75413
Contactos:
Eduardo Vega - Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
Esteban Alcantar - Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
Descripción:
Taller de bioinformática integrado por módulos que consisten en la presentación, demostración y ejercicios de herramientas bioinformáticas. Los participantes pueden traer problemas/preguntas sobre su investigación para abordarlos durante el taller empleando Ensembl.
Contenido:
El taller consta de una serie de módulos, que se enumeran a continuación. La mayoría de los módulos consisten en una presentación y una demostración de las herramientas, seguidas de la oportunidad de hacer ejercicios. Se alienta a los participantes a traer problemas/preguntas sobre su investigación y se trataran de abordar durante el taller utilizando Ensembl. La combinación exacta de módulos puede variar, según las preferencias de los participantes.
- Introducción a Ensembl: origen, objetivos y organización del proyecto Ensembl.
- Genebuild: ¿cómo se realizan las predicciones de transcripciones y genes de Ensembl?
- Exportación de datos con BioMart: recuperación de información genómica mediante una interfaz web (no requiere programación).
- Genómica y proteómica comparativas: ortólogos, familias de proteínas, alineamientos de genoma completo y regiones sinténicas.
- Variación: SNP y otros polimorfismos, haplotipos, desequilibrio de ligamiento, variantes estructurales como CNV.
- Regulación: Secuencias que pueden estar involucradas en la regulación de genes e integración de datos ENCODE.
- El taller consta de los primeros tres módulos, más otros dos módulos a elección. Se realiza una encuesta previa al curso para identificar los intereses de los participantes y personalizar el curso. Los participantes también pueden optar por recibir un certificado electrónico de asistencia expedido por Ensembl. Este certificado electrónico de asistencia no confiere ninguna calificación o licencia al destinatario, simplemente declara que asistió al curso.
Programa:
09:30-10:30 Introducción a Ensembl y la región en vista detallada
10:30-10:50 Descanso
10:50-12:00 Anotación de genes y transcritos
12:00-12:30 Datos de variación y el VEP*
12:30-13:30 Descanso
13:30-15:00 Datos reglamentarios*
15:00-15:20 Descanso
15:20-16:10 Genómica comparativa*
16:10-17:15 BioMart
17:15-17:30 Wrap Up
