El programa de Doctorado en Ciencia de los Alimentos inició en 1991 con la participación de seis instituciones nacionales, con sede en la UAQ, como parte del Programa de Posgrados de Alimentos del Centro de la República (PROPAC). El programa de Doctorado en Ciencia de los Alimentos ingresó al PNPC en 1992 como consolidado y actualmente es un programa de competencia internacional. En la actualidad, el núcleo académico (NA) está formado por 13 profesores con la participación de profesores invitados de la UAQ y profesores invitados externos.

En estos 30 años, los egresados del programa han conformado grupos de investigación en empresas, instituciones académicas y gubernamentales a lo largo de todo el país, con quienes se mantienen diversas colaboraciones, propiciando la consolidación de los programas donde participamos. A nivel internacional, el programa mantiene colaboraciones con instituciones en países como España, Canadá, Estados Unidos, Francia, Australia, Chile y Colombia, entre otros.

En 2020, el programa firmó un convenio de colaboración con la Universidad de Tasmania, Australia para que los estudiantes puedan optar por la obtención de doble grado de doctorado. Este programa es pionero en promover acciones que permitan a los estudiantes formarse en escenarios internacionales y enfrentarse a cumplir estándares de universidades extranjeras de reconocido prestigio. Actualmente, una estudiante llevó a cabo el proceso de la doble titulación. Las experiencias que vivan los estudiantes que participen en este programa de doble titulación, les permitirá incorporarse con mayor facilidad a estancias postdoctorales internacionales o a empresas transnacionales afines a su área de experiencia.