Esta LGAC aborda dos aspectos generales: a) los retos asociados a las enfermedades transmitidas por alimentos, que representan un impacto económico y sanitario relevante para el país. La producción y exportación de alimentos frescos enfrenta problemas de contaminación microbiana y química a lo largo de la cadena productiva. Los proyectos desarrollados en esta línea generan conocimiento y tecnología aplicable al control de patógenos y al fortalecimiento de la inocuidad en empresas agroalimentarias. Además, se impulsa la reducción del uso de plaguicidas mediante el desarrollo de agentes biológicos de control, contribuyendo a una agricultura más sustentable. Otra vertiente de trabajo relevante es el estudio de los procesos fermentativos, con énfasis en la caracterización de microorganismos que participan en la producción de bebidas típicas de la región, favoreciendo la obtención de productos con calidad e inocuidad certificadas.
b) el estudio de los mecanismos de respuesta al estrés biótico y abiótico; así como la evaluación de los cambios de calidad durante la vida poscosecha de productos hortícolas permite generar estrategias que mejoren las tecnologías de producción, conservación y transformación de frutas y hortalizas en estado fresco y mínimamente procesadas; así como el aprovechamiento de subproductos de la agroindustria como fibras orgánicas, para su reutilización como sustratos en la producción primaria o en la obtención de sustitutos de plásticos como envases para productos hortícolas. Además, la investigación del desarrollo de métodos moleculares para la detección rápida de microorganismos de interés en la producción, manejo y consumo de alimentos; así como la evaluación de la interacción huésped-microbioma en la producción y conservación de alimentos frescos; contribuye a la sustentabilidad de la producción alimentaria. De esta manera, el estudio de los factores ambientales pre y poscosecha que inciden en la fisiología, bioquímica y calidad de los productos hortofrutícolas, así como en la evaluación de tecnologías de conservación en fresco y procesado, contribuyen a reducir pérdidas, extender la vida útil y asegurar la calidad nutricional y sensorial. Esta línea refuerza las competencias del egresado en la gestión sustentable de la cadena alimentaria y en la aplicación de tecnologías limpias para la preservación de alimentos; todo ello es de suma importancia para la seguridad alimentaria.