Los proyectos de esta línea contribuyen a la solución de problemas productivos mediante el uso de herramientas biotecnológicas y de ingeniería. Se desarrollan materiales encapsulantes y empaques biodegradables, así como estrategias para aprovechar la biomasa y prolongar la viabilidad de microorganismos probióticos en alimentos. Además se enfocan al desarrollo de nuevos productos lácteos, la bioconservación de alimentos, y la aplicación de tecnologías enzimáticas y fermentaciones controladas para la obtención de ingredientes funcionales. La biotecnología ofrece un número importante de recursos a la industria alimentaria, que comprenden desde la producción de materias primas y su transformación, hasta el control de la seguridad alimentaria; asi como la producción y/o optimización de productos biotecnológicos. Estas investigaciones fortalecen la sustentabilidad de los sistemas alimentarios y la competitividad de las empresas regionales; de esta manera se fomenta la innovación en procesos y productos, fortaleciendo las competencias del doctorante en biotecnología aplicada y transferencia tecnológica